Todos los archivos deben almacenarse en el directorio raíz de AQUAD (en el caso de los análisis de texto, por ejemplo: C:\AQUAD_8c), ya que el programa busca allí los datos a analizar por defecto.
Los textos deben estar formateados de manera que las líneas no contengan más de unos 60 caracteres cada una. La razón para esto es el hecho de que AQUAD utiliza los números de línea para marcar segmentos de texto significativos. Las líneas individuales no deben ser demasiado largas, para que los códigos puedan asignarse con precisión a los pasajes de texto pertinentes.
Los textos deben guardarse en el formato intercambiable "txt". La configuración del procedimiento de guardado debe incluir una operación que inserte después de cada línea el código de "fin de línea", de lo contrario AQUAD trata cada párrafo del texto como una sola línea larga.
Los archivos de audio (mp3, wav), de vídeo (mp4, avi, mov, etc. - si es necesario, cargue los códecs adecuados) y de imagen (jpg) no necesitan ningún tratamiento previo.