Alle Dateien müssen im Rootverzeichnis von AQUAD (im Fall von Textanalysen z.B.: C:\AQUAD_8d) gespeichert sein, da das Programm die zu analysierenden Daten standardmäßig dort sucht.
Texte sollten so formatiert werden, dass die Zeilen nicht mehr als je 60 Zeichen lang sind. Der Grund dafür ist die Tatsache, dass AQUAD die Zeilennummern zur Markierung von bedeutungsvollen Textsegmenten benutzt. Die einzelnen Zeilen sollten also nicht zu lang sein, damit die Codierungen präzise den relevanten Textstellen zugeordnet werden können.
Texte müssen im austauschbaren Format ".txt" gespeichert werden. Beim Speichern muss eingestellt sein, dass hinter jeder Zeile der Code für das Zeilenende gesetzt wird, andernfalls behandelt AQUAD die Absätze des Texts als lange Einzelzeilen.
Audio-Dateien (mp3, wav), Video-Dateien (mp4, avi, mov, etc. - nötigenfalls die passenden Codecs laden) und Bild-Dateien (jpg) benötigen keine weitere Vorbehandlung.